L'explication communément admise de l'extinction du thylacine sur le continent a impliqué trois facteurs: les humains, les dingos et le climat. On soupçonne que le climat a joué un rôle mineur et que les dingos, introduits en Australie il y a environ 5 000 ans, et que la population croissante d'humains de plus en plus sophistiqués ont supplanté les thylacines comme prédateurs. La population tasmanienne, séparée du continent il y a environ 14 000 ans, a survécu jusqu'en 1936, date du décès du dernier individu connu dans un zoo de Hobart..
Mais l'ADN mitochondrial de 51 spécimens de thylacine d'Australie et de Tasmanie suggère qu'un événement El Niño-Oscillation australe a contribué à l'extinction du continent. Les premières populations australiennes étaient génétiquement diverses, mais les conditions météorologiques ont déclenché une série de sécheresses prolongées, particulièrement pénibles pour celles qui vivaient dans l’Australie occidentale aride. Cela a contribué à leur extinction, ainsi qu'à celle de la population continentale de diables de Tasmanie. Les conditions étaient un peu meilleures en Tasmanie - les thylacines y ont diminué en nombre, mais ont commencé à se redresser il y a environ 700 ans - juste à temps pour l'arrivée des Européens..