Young, également chef spirituel des colons mormons de l'Utah, n'avait pas une haute opinion des officiers fédéraux en général. Il les a appelés «des chiens et des mouffettes… envoyés ici par l'autorité du gouvernement pour gouverner les hommes aussi loin qu'ils le sont au-dessus des animaux bas et vicieux qu'ils représentent si fidèlement.» Mais Burr représentait une menace particulière. Il avait nommé son nom dans la cartographie des États plus à l'est, mais sa tâche dans l'Utah était d'un type de travail très différent. Ses hommes et lui étaient censés diviser la terre du territoire en parcelles pouvant être vendues ou réglées, et pour les communautés mormones qui vivaient déjà sur une partie de la terre, ce travail constituait une menace. Une fois que le gouvernement fédéral avait mesuré le sol sous leurs pieds, il n'y avait aucune garantie qu'ils seraient autorisés à rester.
Dans les années 1850 en Utah, «Thomas G. Alexander, historien et professeur émérite à l'université Brigham Young, avait déclaré plus de détresse que les batailles d'arpentage fédérales». Pendant deux ans, Burr et son équipe ont été harcelés, espionnés et accusés de fraude. À l'époque, Burr renvoyait des rapports inquiétants à Washington, avertissant le président Buchanan que les mormons de l'Utah se préparaient au combat..
Deux ans seulement après leur arrivée, après avoir passé en revue 2,5 millions d'acres - une petite fraction du territoire - M. Burr et son équipe ont fui le territoire, craignant pour leur vie, et Buchanan a envoyé 2 500 soldats pour installer un nouveau gouverneur..
Les premiers colons mormons étaient arrivés en Utah en 1847, après l'assassinat du fondateur de l'église, Joseph Smith, par une foule dans l'Illinois. Les partisans de Smith s'étaient installés dans l'Illinois après que le gouverneur du Missouri, leur ancien domicile, leur avait ordonné de les «exterminer». Young, le nouveau chef du groupe, décida de s'installer dans l'ouest, dans l'isolement et la liberté du désert. Peu de temps après la colonisation du Grand Lac Salé par les Mormons, les États-Unis s'emparèrent de la région comme de la guerre américano-mexicaine et les fidèles de l'église furent à nouveau poussés dans des négociations et des affrontements avec des hommes politiques américains peu compatissants et souvent préjugés..
Même si certains colons vivaient sur le territoire depuis près de dix ans, ils ne pouvaient guère prétendre à la terre qu’ils occupaient. Le gouvernement fédéral a toujours reconnu, dans une certaine mesure, les revendications territoriales des tribus locales, mais s'est finalement considéré comme le propriétaire de toutes les terres de l'Utah. Bien que la législature de l'Utah ait créé des lois sur l'utilisation des terres et autorisé les arpentages dans les comtés, les colons vivaient encore en dehors de tout cadre leur permettant de revendiquer des terres en toute légalité. Le travail de l'arpenteur général les inquiétait donc beaucoup..
Young et ses alliés n'avaient pas tort de se méfier de Burr, même s'ils utilisaient des stratégies sournoises pour confirmer leurs inquiétudes. Ils ont intercepté le courrier de Burr et ont découvert qu'il envoyait des plaintes à Washington. Salt Lake City, a-t-il expliqué, était plus grand qu'une ville où il était autorisé à être soumis à la loi fédérale. Burr s'inquiétait également du pouvoir et de l'influence de l'église mormone. Le territoire donnait le contrôle sur des ressources rares - telles que le bois qui ne pousse que dans des canyons - à d’éminents dirigeants mormons censés les gérer dans l’intérêt général. En outre, environ un tiers des membres de l'église ont dû céder à Young et à l'église les droits légaux qu'ils pouvaient revendiquer sur leur terre, un arrangement que Burr considérait comme une fusion dangereuse de l'église et de l'État..
Après avoir lu le courrier de Burr, un groupe de fonctionnaires territoriaux, notamment le procureur général par intérim et le maréchal du territoire, l'ont confronté. Il avait besoin d'arrêter d'écrire ces lettres, lui ont-ils dit, et "ils sauraient toujours s'il le faisait de nouveau", selon Alexander, l'historien.
Au même moment, les dirigeants mormons menaient leur propre campagne épistolaire contre Burr. L'arpenteur général, selon Young, «n'a jamais été qu'un chiot hargneux, craquant et mordant tout ce qui se met en travers de son chemin… escroquant largement le gouvernement, tous les sondages effectués par son parti ne valent pas la peine . ”Bien qu'ils étaient censés marquer les lignes d'arpentage avec des monuments permanents, Young a écrit:“ Ils tiennent de petits enjeux que le vent pourrait presque renverser…. Pas un vestige de tout ce qu'ils font ne restera pour marquer où ils sont dans cinq ans. "
Si Burr et son équipe ne faisaient pas leur meilleur travail, c'est peut-être en partie à cause de l'obstruction des colons. Un arpenteur, Charles Mogo, s'est fait voler ses bœufs et a dû occuper un poste avec une équipe de gardes. Ils ont reçu des informations selon lesquelles des mormons tentaient de retourner les tribus indigènes contre eux en leur disant qu'ils venaient s'emparer de la terre, ce qui n'était pas inexact, même si ce n'était pas le but déclaré de l'enquête. Dans certains cas, selon Burr, des mormons hostiles ont simplement retiré les marqueurs que son équipe avait posés.
Bientôt, ces tensions ont dégénéré en violence. Un autre arpenteur de Burr, Joseph Troskowlawski, a été battu presque jusqu'à la paralysie. Les sermons du dimanche ont commencé à mentionner nommément Burr et ses hommes et à s’infliger contre eux. Burr est bientôt parti et les troupes fédérales sont entrées. Le conflit qui en a résulté, la guerre de l'Utah, n'était pas exactement une démonstration de force du gouvernement Buchanan. Après une impasse de deux ans avec Young et son peuple, les négociations ont mis fin au conflit et mis en place un nouveau gouvernement territorial. C’était un œil au beurre noir pour le président, accusé d’avoir agi précipitamment et par ignorance, ou de ne pas fournir suffisamment de troupes aux troupes qu’il avait envoyées.
Le personnel laissé par Burr n’a pas très bien réussi non plus. Mogo a été accusé d'avoir volé des chevaux et a été presque lapidé par une foule de mormons. Il s'est enfui sans sa femme enceinte. (Leur fils nouveau-né mourrait plus tard dans un voyage froid et enneigé pour le rejoindre.) Un employé de bureau, C.G. Landon, a été battu avec des pierres et des massues mais a réussi à s'échapper. Une foule le retrouva deux jours plus tard à la maison, couché, soignant ses blessures, et il dut sauter par la fenêtre du deuxième étage pour s'échapper. Il s'est dirigé pieds nus hors de Salt Lake City et a disparu. Pendant des mois, personne n’a entendu parler de lui et il a été présumé mort avant de se présenter quelques mois plus tard à Placerville, en Californie, à des centaines de kilomètres de là..
De retour à Washington, Burr a tenté de s'expliquer et a même demandé à retourner à son poste après la guerre. Mais le General Land Office l'a renvoyé et son remplaçant, Samuel C. Stambaugh, a enquêté sur les accusations d'arpentage de mauvaise qualité. Dans son rapport, Stambaugh n'était pas gentil. Il a reconnu Burr coupable de «grande négligence… de ne pas avoir fourni les vérifications appropriées à ses adjoints», et les sondages eux-mêmes étaient défectueux. Tout le travail devait être terminé. Bien que les tensions se soient quelque peu dissipées, le nouvel arpenteur n'était pas beaucoup plus amical envers les intérêts mormons que Burr. Il a recommandé au gouvernement fédéral de ne vendre aucune terre avant que le Congrès ne puisse «provoquer une émigration autre que mormone vers le territoire».
Il faudra encore neuf ans avant que le gouvernement fédéral ouvre un bureau des terres afin de faciliter la vente de terres aux colons, bien après les territoires voisins. L'Utah n'est devenu un État qu'en 1896, des années après les Dakota, le Montana, l'Idaho et le Wyoming. Même à ce moment-là, le gouvernement fédéral restait suspicieux à l'égard de la population mormone de l'État: l'Utah n'était autorisée à adhérer au syndicat qu'à la condition que le soutien officiel de l'église à la polygamie soit aboli..